El sector rural de la región Valles tiene alto potencial de crecimiento ya que presenta un clima favorable para la producción agropecuaria, además de un enorme mercado aledaño, representado por la Zona Metropolitana de Guadalajara, que en 2015 registró prácticamente 4.8 millones de personas. Como se mencionó en apartados anteriores, el sector rural de la región lleva a cabo principalmente dos actividades: la agricultura, en la que el 46.24% del territorio está ocupado por los principales cultivos: caña de azúcar, maíz de grano y agave, y; la ganadería, concentrando el 23.1% del hato estatal de carne ovina, y cerca del 13% del hato estatal de carne de ave.
Estas dos actividades transforman el territorio al incorporar tierras boscosas para expandir áreas dedicadas al pastoreo y a la agricultura; esta pérdida de vegetación, a nivel de cuenca, altera gran número de funciones que interrumpen la estabilidad y correcto funcionamiento del intercambio de materia y energía cuenca arriba – cuenca abajo, desencadenando procesos negativos a distintas escalas espaciales y temporales, muchas de las cuales son difíciles de revertir. Sin duda, tanto la agricultura como la ganadería son un sector productivo importante y tienen múltiples funciones en el desarrollo social y económico; los productos que generan son fundamentales para la seguridad alimentaria, influye en el costo de vida y en los ingresos reales de la población que dependen de ella, por lo que resulta de vital importancia orientar acciones hacia el manejo sostenible de los terrenos en donde se realizan estas actividades.
En este sentido, en el territorio de la JIMAV existen prácticamente 60 mil hectáreas distribuidas en 12 municipios, las cuales fueron identificadas por la Secretaría de Desarrollo Rural (SEDER) como zonas potenciales elegibles para el desarrollo de sistemas silvopastoriles y agroforestales, de manera que la obtención de beneficios de índole económico – social se lleve a cabo sin descuidar la importancia de aspectos ambientales, logrando así la continuidad a largo plazo en la obtención de ingresos.